為協定106年度全民健保6千5百多億元總額預算，全民健康保險會(下稱健保會)於本(105)年9月23~24日召開106年度總額協商會議，由保險付費者與醫事服務提供者代表進行協商，分別就牙醫門診、中醫門診、西醫基層、醫院等部門總額及其他預算進行協商。在歷經14小時馬拉松式的溝通後，獲致共識部分為牙醫門診、中醫門診、西醫基層總額及其他預算，106年度牙醫門診總額成長3.246%(年度總金額約418.48億元)、中醫門診總額成長4.066%(年度總金額約239.33億元)、西醫基層總額成長5.157%(年度總金額約1,285.72億元) 、其他預算金額為112.64億元。至於醫院總額部門，雙方雖已釋出最大誠意、反覆折衝，惟對部分協商項目仍有差距。
有關106年C型肝炎新藥，健保會所有委員認為基於照顧病人福祉與健康的考量，均支持C型肝炎新藥提供民眾使用，並希望由公務預算優先支應。若不可行，醫院代表希望照顧C型肝炎病人的同時，不應排擠其他病人的醫療權益，因此堅持C型肝炎新藥預算不應列於醫院總額，由健保「其他部門」支應。付費者代表認為以公務預算為基本原則下，106年C肝預算應相對編列公務預算支付為前提，始能動支健保預算。107年則全部由公務預算支應。
在此情況下，健保會須依法將付費者及醫界代表方案，以兩案併陳方式(如附件三、四)，報請衛生福利部裁決。